Dr. Kožnjak radit će na odnosu kvaliteta i kvantiteta duž tri međusobno povezana istraživačka pravca: (1) istraživanjem filozofijskih, metodoloških i širih socio-historijskih faktora, s jedne strane, izostanka prediktivnih i deskriptivnih matematičkih opisa prirodnih fenomena i aktivnog eksperimentiranja s prirodnim fenomenima nasuprot pasivnom promatranju u antičkoj Grčkoj (Platon, Aristotel), unatoč postojanju sofisticiranih i plodnih matematičkih i prirodoslovno-filozofijskih uvida kao i izvanrednih tehnoloških primjena i inovacija, te s druge strane, transformacije prirodne filozofije u prirodnu znanost tijekom ranog, razvijenog i kasnog srednjovjekovlja, što je kulminiralo novovjekovnom kvantitativno-eksperimentalnom prirodnom znanošću kakvu danas poznajemo (Galileo, Newton); (2) istraživanjem problema odnosa primarnih i sekundarnih kvaliteta u ranoj novovjekovnoj filozofiji (Descartes, Locke, Berkeley) s posebnim osvrtom na prirodnu filozofiju i spoznajnu teoriju Ruđera Boškovića kao suštinski radikalnu kritiku ekstremnih empirističko-racionalističkih pozicija u odnosu na taj problem (Boscovich 1755a, 1758); (3) istraživanjem Boškovićeva rješenja problema kompatibilnosti slobodne volje, koju je strastveno zagovarao, i temeljnih fizikalnih principa i zakona, posebice kontinuiteta, očuvanja količine gibanja i konačno samog determinizma, što je također čvrsto zagovarao u okvirima svoje prirodne filozofije. primarno kao njegova odgovora na opravdanu, ali nepotpunu Leibnizovu kritiku Descartesovog fizikalno zastarjelog rješenja tog problema.